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Tradicionalmente en las clases de ciencias naturales las explicaciones de sentido común de los estudianteshan sido caracterizadas como errores que debían evitarse y cambiarse. La perspectiva de los obstáculosepistemológicos permite entender estos “errores” como la expresión de modos de razonamientosubyacentes de los sujetos, que no pueden (ni deben) cambiarse. La propuesta es hacerlos explícitos yfomentar una regulación metacognitiva para poder usarlos en la construcción del conocimiento científico.El trabajo que aquí presentamos corresponde a una investigación doctoral en curso que tiene comoobjetivo general generar conocimiento sobre los modos de regulación de los obstáculos epistemológicosdurante los procesos de modelización en biología evolutiva. Para alcanzar dicho objetivo se diseñó ypuso en práctica una secuencia didáctica cimentada en el marco de los obstáculos epistemológicos y seanalizaron los datos obtenidos mediante metodología cualitativas. En contra de lo esperado y buscado deacuerdo con los marcos teóricos adoptados, muchos estudiantes construyeron una caracterización de losobstáculos como errores que deben evitarse al momento de la construcción o el uso de los modeloscientíficos. Se constituye esto en una dificultad para hacer explícito el pensamiento en las clases debiología, ya que no es el espíritu del marco teórico considerarlos como errores, sino como otros modos depensar que, según el contexto y los objetivos, pueden facilitar o dificultar una cierta tarea cognitiva.