El presente trabajo individual trata sobre cómo la Universidad de San Marcos y el convictorio de San Carlos de Lima (institucionalmente y a través de sus principales académicos, algunos llamados “los ideólogos” o “reformistas criollos”) se pronunciaron y participaron en el proceso de la independencia en sus tres etapas: finales del siglo XVIII (representado por Bravo de Lagunas y Baquíjano y Carrillo); inicios del siglo XIX (representado por Vicente Morales Duarez y Toribio Rodríguez de Mendoza); y después de 1810 (nuevamente Baquíjano y Carrillo, Villata y Unanue). Esta participación controvertida y disímil, va desde los discursos a nombre de la institución a favor del Virrey y el servilismo de la Universidad dominada por conservadores que llamaban a la emancipación un proyecto escandaloso, hasta tendencias liberales en defensa de los derechos de América y actitudes favorables en la Proclamación de la Independencia del Perú (1921), cuando ya todo estaba consumado. Según corresponda la etapa que investigamos, comparamos con la cultura universitaria de Chuquisaca (Bolivia) y la actitud favorable hacia la independencia americana de alumnos y docentes de la Universidad de Huamanga (Ayacucho), institución de educación superior del interior del país. Nuestro marco teórico gira básicamente en torno a Pierre Bourdieu sobre “el campo intelectual” (2002) y a Gerardo Andrés Perafán sobre “el pensamiento de los profesores” (2005); y el sustento datual  de la investigación es bibliográfico y hemerográfico.